长江口渔业生态和保护生物学功能实验室立足于长江口这一国际热点研究区域，针对目前面临的水域生态恶化、环境污染加剧、水生生物资源过度开发利用、生物多样性降低和渔业资源衰退等生态问题，开展水域生态环境监测、保护与修复的研究工作，恢复与重建长江口渔业生态功能及珍稀、濒危和经济物种的种群，实现长江口生态系统的稳定和渔业资源的可持续利用。

主要研究方向：

1.河口水域生态学研究。

2.珍稀濒危物种的保护生物学研究。

3.经济鱼类品种开发与利用研究。

发展目标：建立完善的水域生态环境监测系统，系统开展水域理化因子、生物资源、污染物等的检测、分析和评价，掌握长江口水域的生态环境和渔业生物资源变动规律。以中华鲟为指示生物和研究重点，对河口珍稀濒危水生生物资源状况和遗传背景、时空分布和种群特征、食性与饵料基础、洄游机制及生理调节机理、资源增殖与评估技术、种质保存等进行系统研究，建立资源评估、增殖放流、种质资源保存和救护等核心技术。开展长江口重要经济鱼类如河鲀、花鲈、鲻鮻鱼等的人工驯养与繁育研究，建立关键技术体系，实现对资源的合理开发与利用，并开展天然资源的放流增殖和恢复重建的研究。