中国水产科学研究院东海水产研究所是国家综合性渔业研究机构。本部位于上海市杨浦区，占地面积约2.2万平方米，在上海奉贤、海南琼海、福建福鼎、江苏赣榆和浙江宁海分别建有实验研究基地。

研究所创建于1958年10月，历经中国科学院上海水产研究所、上海市水产研究所、水产部东海水产研究所、上海市海洋渔业公司东海水产研究所、国家水产总局东海水产研究所等发展时期，1982年10月统一划归中国水产科学研究院管理。2003年进入国家科技创新体系（国家非营利性科研机构）；2005年通过中国质量认证中心ISO9001质量管理体系认证，成为我国渔业科研系统第一个进入ISO9001质量管理体系的单位。

研究所承担我国渔业发展中的全局性、基础性、关键性和方向性的重大科技任务，为我国渔业科技进步、行业管理和产业发展提供服务。主要开展远洋与极地渔业资源开发、河口与近海渔业生态学、渔业资源保护及利用、捕捞与渔业工程、渔业生态环境评价与保护、水产养殖技术、水产遗传育种与生物技术、水产品加工与质量安全、渔业信息与战略等研究。经农业农村部批准的中国水产科学研究院发展规划中确定将我所建成国家级远洋和河口渔业研究中心。

研究所拥有一支学科结构合理、业务素质较高，具有雄厚实力的渔业科研队伍。全所编制职工450人，现有研究员30余名，副研究员60余名，国家新世纪百千万人才工程国家级人选3人，享有国务院政府特殊津贴的专家28人，农业农村部有突出贡献的中青年专家5人，中国水产科学研究院首席科学家3人，上海市领军人才4人，上海市农业领域领军人才2人。研究所与上海海洋大学、华东师范大学、中国海洋大学、中国科学院海洋研究所和大连海洋大学等院校建立联合招收培养研究生机制，每年在读研究生达100余名。经人事部和全国博士后管理委员会批准，建立博士后科研工作站。

研究所拥有农业农村部等各级重点实验室及平台16个，300吨级渔业资源调查船2艘，3000吨级海洋渔业综合科学调查船1艘，现有科学仪器设备数量3300余套，主办学术期刊《海洋渔业》和《渔业信息与战略》。