东海水产研究所海南琼海研究中心启用于1999年，位于海南省琼海市长坡镇椰林村，占地面积0.5公顷。中心设置综合繁育、种苗培育、亲本培育和可控环境等4个试验车间，配备适合苗种繁育的各规格水泥池、大型玻璃钢池1200m3、适合生理生态与病害防治研究中小型玻璃钢水槽200m3以及室外大型亲本生态培育池300m3。中心内除配备水质分析、生态生理、营养生理、病害检测及精密仪器分析实验室，2008年成为海南大学、上海海洋大学水产养殖学科研究生联合培养基地，是一集水产科学研究、技术示范推广和人才培养为一体的水产品苗种繁育实验基地。

研究中心成立至今，先后完成锯缘青蟹工厂化育苗及推广、银鲳人工繁殖、篮子鱼人工繁殖、细角螺苗种繁育、日本鳗鲡苗种繁育、海马人工繁殖、南美白对虾选育技术及虾病免疫、药代研究；鱼类、贝类、虾蟹饲料营养、贝类净化等项目。其中锯缘青蟹、 篮子鱼等项目目前已经在海南、广东、广西、福建、上海、山东、辽宁得到推广，取得了可观的社会和生态效益。